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1、男婴在孕育期间，由于用药不当，母体受到药物侵害，引起雄性激素分泌不足，导致婴儿先天性阴茎短小。
2、男孩在青春期发育时由于缺乏营养，造成发育不良，尤其是缺乏锌和Ve,不能及时提供阴茎生长所需要的营养元素，造成阴茎短小。
3、在发育时期由于性器官机能性营养不良，雄性激素分泌不足，不能促进阴茎的发育，引起阴茎短小。
4、体内阴阳不平衡，出现于畏寒怕冷的男性，由于阴盛阳衰导致阴茎不能完全伸展，使一部分阴茎收缩起来。
5、身体素质低，频繁性生活，或者手淫过度也会引起阴茎短小。
6、一些患有睾丸炎或睾丸发育不良等男性因体内雄性激素分泌不足导致阴茎短小。
7、包皮过长会阻碍龟头的发育，龟头不能增大，自然阴茎也就不能增长。
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