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发育不良会引起阴茎短小，其原因有以下四点
一、高促性腺激素性性功能低下症。这种情况是下丘脑一垂体系统正常，问题出于睾丸有病变，不能执行生精及产生激素的功能。
二、低促性腺激素性性功能低下症。由于下丘脑一垂体系统病变所致。
三、抗雄激素综合征。即阴茎对雄激素不敏感，故体内睾酮水平正常，而二性征异常。
四、特发性阴茎短小症。阴茎短小的发病可以是先天性的，也可以是后天性的。到20岁左右全身发育已经定型，再要求治疗就比较困难。药物治疗只适用在由于缺少某种激素而引起的阴茎短小，而且用药必须针对性强;有些与阴茎发育有关的病，是无法使之痊的，药物只能暂时改善情况，所以要长期或终身应用激素治疗还能引起一系列副作用，切忌随意使用。因此，治疗小阴茎，必须在专科医生严格指导下进行。
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